Il y a bien longtemps, un rhinocéros a séjourné sur l’île d’If à Marseille. C’est d’ailleurs le point de départ de la construction du célèbre Château d’If. En 1516, le roi François 1er, en pèlerinage à Saint-Maximin-la-Sainte-Baume, apprend qu’un rhinocéros envoyé au Pape par le roi du Portugal fait escale à Marseille. Ne sachant que faire d’un tel animal qui n’avait jamais été vu en Europe, les autorités marseillaises l’installèrent sur l’île d’If. C’est ainsi que François 1er, se rendant sur l’île d’If pour chasser, découvre le lieu et par la même occasion, le rhinocéros qui y séjourne, et, décide de faire construire un fort afin d’améliorer les défenses de Marseille : le Château d’If.

Comme d’autres jardins prestigieux de l’époque, celui du palais des Papes comprenait une ménagerie avec des animaux exotiques : lions, gorilles, ours, autruches, paons…

Il s’agissait d’impressionner les visiteurs de passage et d’illustrer la capacité de la papauté à acclimater et domestiquer, bref à gouverner le monde. Au-delà, ces jardins aménagés et cultivés avaient une vocation plus concrète et utilitaire. Contribuer au ravitaillement des cuisines (en effet, le paon était un oiseau particulièrement apprécié lors des banquets)  et offrir aux souverains pontifes un espace salubre et plaisant propice à la «recreatio corporis» (détente du corps), conçue comme une nécessité par la papauté du XIVe siècle. 

Entre 1347 et 1352, la peste noire tue environ 25 millions d’européens, dont 7 millions de français, soit environ 40% de la population. Sa propagation exponentielle est à imputer aux rats arrivés d’Asie sur les navires de commerce. L’épidémie touche Marseille en 1347 puis Avignon. Alors Cité des Papes, Avignon reçoit des fidèles de toute l’Europe ce qui participe à la diffusion de la maladie. La peste provoque des massacres de juifs dans toute la Provence considérés comme responsables de l’épidémie. 

En 1720 la « Grande Peste » se propagea à partir de Marseille par un navire qui ne respecta pas la quarantaine. Avignon et le Comtat Venaissin décidèrent de se confiner en construisant un mur gardé nuit et jour entre la Durance et le Mont Ventoux.

En 50 avant J.-C., Pompée, alors à la tête du Sénat de Rome, accuse César de traîtrise. César entre alors en guerre contre les armées de Pompée afin de devenir l’unique leader de l’Empire. Marseille, un des plus grands ports de Méditerranée déjà à l’époque, est fidèle à Pompée. César, outragé par la position marseillaise, organise le siège de la ville en 49 avant J. C. Les Marseillais, affamés, se rendent, après deux tentatives échouées de briser le blocus, et, 6 mois de siège. César fait détruire les murs, brûler la ville, et lui retire ses droits de pêches. Marseille sera alors sauvée par ses voisins, ses colonies, et surtout la Grèce qui lui envoie provisions, bois de construction, ouvriers et habitants pour remplacer les pertes.

Au cœur de la montagne de la Sainte Baume se trouve la grotte où  Sainte Marie Madeleine aurait vécu les 33 dernières années de sa vie. C’est le lieu le plus mystique de Provence, protégé par les moines qui vivent dans cette montagne. La légende raconte que Marie-Madeleine serait venue à Marseille après être arrivée aux Saintes-Maries-de-la-Mer. Elle y aurait séjourné deux ans avant de suivre la rivière Huveaune jusqu’à sa source et vivre une vie d’ermite seule dans la grotte. A sa mort, Marie-Madeleine aurait été inhumée à Saint-Maximin-la-Sainte-Baume. Le tombeau de Marie-Madeleine est le troisième tombeau le plus important de la Chrétienté après ceux de Marie à Ephèse et de Pierre à Rome.